Ο Εθνικός Λατσιών θέλοντας να ρίξει μεγάλο βάρος στις ακαδημίες του, προχώρησε στην πλήρη αναδιάρθρωση τους από την σεζόν 2013-2014. Για τον σκοπό αυτό έγινε προσπάθεια όπως δημιουργηθούν άμεσα τμήματα για όσο το δυνατό περισσότερες ηλικιακές ομάδες, με την συμμετοχή τους στα επίσημα πρωταθλήματα της Κυπριακής Ομοσπονδίας Ποδοσφαίρου (ΚΟΠ).
Αυτή την στιγμή το σωματείο μας διαθέτει τμήματα ακαδημιών στις ακόλουθες ηλικιακές ομάδες:
- Κ21
- Κ17
- Κ15
- Κ13
- Κ12
- Κ08